自从美军于5月1日在巴基斯坦境内击毙基地组织头目本•拉登以来，美国针对巴基斯坦情报部门“是否真诚与其合作”提出了质疑，美巴双边关系面临压力。据美国《纽约时报》报道，美国总统奥巴马的国家安全顾问托马斯•多尼隆于5月8日发表讲话，要求巴基斯坦政府允许美国调查人员采访本•拉登的三位遗孀。
报道称，美国曾对拉登一直能够藏身于伊斯兰堡附近向巴基斯坦提出质疑，并提出希望了解巴基斯坦政府、情报或者军队官员是否以及在何种程度上知道本拉登藏匿的情况。多尼隆警告说，美国不久将从拉登住所处获取的文件中获知，巴基斯坦政府内外的人员是否曾帮助拉登。多尼隆对美国有线新闻网（CNN）国情栏目指出，美方已要求接近本•拉登的三位遗孀，及查看她们从大院带走的其他物品。
报道还称，美国对巴基斯坦针对拉登藏身之处一事独自展开的调查表示怀疑。有美国高级情报官员甚至将巴基斯坦对拉登的调查称为“两面三刀的游戏”。当地时间5月2日晚，奥巴马在“60分钟”节目中说道：“我们认为在巴基斯坦内部有一个支持本拉登的体系，但我们不知道这一体系是什么。”
报道评论说，美国政府内部对是否向巴基斯坦施压存在争议，该争议涉及如何处理与巴基斯坦尚未签署的协议。几年来，美国政府为了在打击恐怖主义方面获得巴基斯坦的支持，曾资助巴基斯坦军队数十亿美元。但多尼隆明确指出，修改协议会使得美巴共同打击恐怖主义的行动受到损害。美国虽然对巴基斯坦的行动表示怀疑，但打击恐怖的共同需要是维系美巴双边关系的纽带。
